旗尾山屬於玉山山脈的末端,東鄰美濃平原和荖濃溪,西接楠梓仙溪和旗山區。從國道10號進入旗山地區時,遠望旗尾山脈,山頂突出呈鋸齒狀,恰似清朝之三角旗(蛟龍旗),故稱旗尾山,古代又作「旂尾山」。從美濃朝西方向望去,這排如鋸齒般的山脈,其中包括月光山、靈山、稱為廣義的旗尾山,而今天一般人所認知狹義的旗尾山,就位在山脈最南端。
旗尾山海拔高度318公尺,立有一顆水資局高屏64三等三角點基石,為台灣小百岳之一。山頂有一座涼亭,白色的牆面與藍色的屋頂,傳聞是參照台北”中正紀念堂”,大約原比例的二十五分之一縮小版,為民國七十年代山上整建登山步道時所建。亭前立有一塊碑寫著「旗尾山祠 」,背面寫「昭和十四年二月十一日建立」(西元1939年,民國28年 )。